Los túneles de San Pedro están ubicados entre Colmenar Viejo y Soto del Real. En esta última salida conectan con el viaducto del Arroyo del Valle, que a su vez desemboca en los túneles de Guadarrama. Infraestructuras fundamentales, pues, para reducir los tiempos de viaje en AVE a Segovia (22 minutos) y Valladolid (50 minutos) desde Madrid.
Se trata de dos tubos gemelos de sección circular con vía única y galerías transversales cada 400 metros. Su longitud los sitúa como los terceros más largos de España, tras los citados de Guadarrama y la Variante de Pajares, de la que también hemos hablado en alguna ocasión.
Los de San Pedro están dotados de alta tecnología que permite controlar sus sistemas de señalización, comunicaciones, ventilación y demás desde un centro de control. Los problemas se dieron durante las obras de construcción, en 2005, al descubrirse peculiariedades geológicas del terreno que no estaban previstas y obligaron a detener el trabajo de una de las tuneladoras y a ralentizar el de otra (fueron las mismas máquinas que abrieron el túnel de Lotschberg, en Suiza). Finalmente, en 2007 se optó por abrir un pozo de ataque intermedio y utilizar medios convencionales (explosivos).