Croatia Airlines se fundó en el año 1989 con el nombre de Zagreb Airlines, pero cambió al actual en 1990. Surgió como una solución al transporte de mercancías para UPS, aunque se convirtió en una aerolínea de pasajeros a partir de 1991, después de firmar un contrato con Adria Airways.
Su base central se encuentra en Buzin, Zagreb, y su presidente y director es Jasmin Baji?. Desde 2013 colabora con United Airlines, compañía que le asignó su código internacional a las rutas que van desde Ámsterdam, Bruselas, París, Fráncfort del Meno, Londres, Múnich y Zúrich hacia Zagreb, y desde Fráncfort del Meno y Múnich hacia Split y Dubrovnik.
Por otra parte, Croatia Airlines es miembro de Star Alliance junto a otras compañías como Aegean Airlines. A su vez, posee 2 aerolíneas que completan sus vuelos en Croacia: Obzor Holidays y Amadeus Croacia.
Croatia Airlines cuenta con una flota de 12 aviones: 2 aeronaves Airbus 320, con una capacidad para transportar 174 pasajeros, 4 Airbus 319 para 144 pasajeros y 6 Dash 8-Q400 para 76 pasajeros. Adquirir vuelos baratos con Croatia Airlines permite acumular millas y así obtener descuentos. Este programa se denomina Miles and More y lo desarrolla en colaboración con Lufthansa.